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26 déc. 2020

COVID-19 : cartographie du nombre de dépistages réalisés et de cas positifs constatés du 14 au 20 décembre 2020 (semaine 51)

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COVID-19 : les chiffres de la contamination en France du 14 au 20 décembre

Ces statistiques sont basées sur les données colligées par SI-DEP disponibles sur data.gouv.fr en open data. Ces données ne concernent que les examens RT-PCR.

Ces chiffres sont à prendre avec précaution. Les résultats des tests rapides antigéniques ne sont pas encore disponibles en Open Data et ils sont pourtant utilisés largement et en particulier pour les patients symptomatiques avec un probable taux de positivité plus important que dans les laboratoires de biologie médicale. Il est probable que tous les chiffres soient minimisés par rapport à la réalité de la situation et en particulier les chiffres de positivité.

Les extrapolation concernant les tests antigéniques se basent sur les données en Open Data disponibles sur data.gouv.fr.

Évolution en une semaine 

Évolution de la semaine 51 (14 au 20 décembre) par rapport à la semaine 50 (7 au 13 décembre).

stats S51

L'élément remarquable cette semaine, juste avant les fêtes de fin d'année, est surtout la hausse du nombre de dépistages toutes catégories confondues, que ce soit en PCR ou en tests antigéniques. Le "plus on teste plus il y a de positifs", même s'il se vérifie un peu, on voit qu'il n'y a aucune proportionnalité et il y a eu beaucoup de dépistages pour rassurer les familles avant les fêtes. En PCR, 98.595 personnes ont été dépistés positives à la COVID 19 en une semaine contre 80.144 la semaine précédente. Il s'agit d'une hausse de +23% des positifs avec une hausse de +74% des dépistages. Cela s'accompagne bien évidemment d'une baisse du taux de positivité qui démontre une fois de plus son utilité d'indicateur de pertinence de la stratégie de dépistage.

La situation dans les DROM est assez comparable à celle de l'ensemble de la France, même si l'augmentation du nombre de positifs est, ici, proportionnelle au nombre de dépistages.

Les données SI-DEP des dépistage antigéniques ne sont toujours par disponibles, mais il existe un premier jeu de données élaboré sur un panel de 14.000 pharmacies et extrapolé à la France entière, publié par IQVIA, qui permet de faire des premières estimations. La progression des dépistages antigéniques est de 38,78% au global, relativement stable avec 1.224.298 dépistages cette semaine contre 882.200 dépistages la semaine précédente. En appliquant le même taux de positivité que pour la PCR, le nombre de positifs antigéniques naisse de -1,97%. L'estimation qui en découle au total est de 150.692 positifs cette semaine contre 133.290 positifs la semaine précédente, soit une baisse de -1,97% !

Plus de 3,5 millions de dépistages ont été réalisés en une semaine, tous types de test confondus. Il s'agit d'un record depuis le début de l'épidémie.

A savoir à propos de la répartition géographique des données

A noter que dans les données collectées par le SI-DEP, il existe environ 1% des données dont le département n'est pas renseigné (code postal renseigné invalide), soit environ l'équivalent d'un département Français. Pour cette raison, dans nos analyses, il a été décidé de considérer ces patients comme situés en France métropolitaine et de situer ces données dans l'océan atlantique afin de pouvoir les suivre visuellement tout en comprenant ce qu'elles représentent.

Concernant les couleurs pour les "Heat Map" (représentation en cible), la couleur n'est pas attribuée qu'en fonction du nombre représenté, mais prend aussi en considération la taille de la zone géographique et donc la densité. Ainsi, pour l'Ile-de-France, il apparaitra légèrement plus important car l'IA estime que ce niveau de cas sur une zone restreinte est plus important qu'un nombre de cas un peu plus important sur une zone moins dense.

Analyse des dépistages Antigéniques

Cartographie des dépistages antigéniques réalisés en pharmacie en incidence par région

incidence ag pharma s51

Les pharmacies ont vraiment participées fortement aux dépistages avant noël avec une progression de +167% en pharmacie. Le dépistage en Pharmacie est principalement utilisé en Ile-de-France et en Corse. Pour les autres régions, même PACA qui y avait recours les semaines précédentes, ce n'est pas un modèle très utilisé.

Cartographie de la simulation des dépistages antigéniques réalisés après redistribution par les pharmaciens en incidence par région

incidence ag ps s51

Les dépistages antigéniques réalisés par des PS en dehors des pharmacies et des laboratoires est en forte baisse de -25%. Il semble que contrairement aux pharmaciens d'officine, ces professionnels ont bien compris que les dépistages antigéniques ne devaient pas être utilisés sur des patients asymptomatiques. Ce modèle est très utilisé en PACA et en Corse, et dans une moindre mesure en Occitanie. La Bretagne, encore une fois n'utilise pas beaucoup ce type de dépistage.

C'est donc dans ces régions que les données PCR que nous présentons dans le reste de l'analyse est la moins fiable et représentative de la réalité, en particulier à Paris, en PACA et en Corse, ou nous pensons que la hausse du nombre de positifs est particulièrement élevée contrairement à ce que l'on peut voir en PCR. 

Évolution par département (Hors Dépistages Antigéniques)

 

Carte de l’évolution de cas positifs de COVID-19 par PCR en une semaine

L'incidence est calculée par la formule :
Nombre de positifs PCR du département en une semaine / Population du département / 100.000 (habitants).

incidence pos dept s51

Les Haute-Marne devient le département le plus touché de France en incidence avec 336 personnes positives pour 100.000 habitants (+36%) contre une incdence de 247 la semaine précédente. Les Vosges sont le deuxième département le plus touché avec une incidence de 335 positifs pour 100.000 habitants contre 261 la semaine précédente soit une hausse de +29%. Le troisième département le plus touché sont les Ardennes avec une incidence de 326 positifs pour 100.000 habitants contre 329 la semaine précédente (-1%). On voit clairement que ligne entre le Grand Est et la Bourgogne-Franche-Comté qui avait principalement progressée la semaine dernière continue de progresser mais s'accompagne d'une hausse dans le bassin Lyonnais.

Il y a des changement importants en hausse comme en baisse comme pour les hausses, +116% dans le Puy-de-Dôme, +65% dans les Alpes-Maritimes et pour les baisses, -31% dans le Lot et -24% dans la Creuse.

Les départements les moins touchés en incidence sont la Corse-du-Sud avec une incidence de 14 positifs pour 100.000 habitants contre 20 la semaine précédente (à relativiser car utilisation importante de dépistages antigéniques), la Charente-Maritime, qui malgré une hausse de +45% reste dans le bas du classement avec une incidence très stable de 31 contre 22 la semaine précédente et la Haute-Corse avec 34 positifs pour 100.000 habitants contre 23 la semaine précédente. Les chiffres de Corse sont à relativiser étant donné que les dépistages antigéniques sont largement utilisés. 7 départements sont sous le seuil d'alerte, contre 9 la semaine précédente.

Carte du nombre de dépistage réalisés en une semaine

L'incidence des dépistages est calculée par la formule :
Nombre d'examens / Population du département / 100.000 habitants

incidence test dept s51

Forte hausse du dépistage PCR cette semaine en prévision des fêtes, +74% et cela se répercute dans tous les départements, mais surtout dans tous les départements d'Auvergne-Rhône-alpes (+190% de PCR dans la région) qui a fait une campgne de dépistage massif très organisée et presque uniquement en PCR. Surprise, en Normandie et dans les Ardennes, les campagnes de dépistage massives sur la base de dépistages antigéniques sont un échec.

Les précedentes semaines, l'incidence plafond du nombre de dépistages était autour de 3.000 pour 100.000 habitants (3% de la population) et cette semaine 20 départements sont au-dessus de 4.000, le Cantal en tête avec une incidence supérieure à 7.000 (7% de la population dépistée). 

Le département qui réalise le plus grand nombre de dépistages pour 100.000 habitants cette semaine est le Cantal avec une incidence de 7.023 pour 100.000 habitants contre 2.606 la semaine précédente. Le deuxième département est Paris (+129%) avec une incidence de 6.760 dépistages pour 100.000 habitants contre 2.945 la semaine précédente. Le troisième département en incidence de dépistage est l'Allier (+186%) avec 6.198 dépistages pour 100.000 habitants cette semaine contre une incidence de 2.164 la semaine précédente.

Les départements qui dépistent le moins sont la Manche (1.532 dépistages pour 100.000 habitants contre 1.237 la semaine précédente), la Dordogne (1.852 dépistages pour 100.000 habitants) et l'Eure (1.878 dépistages pour 100.000). 

Évolution par région (Hors Tests Antigéniques)

Carte de l’évolution de cas positifs de COVID-19 en une semaine

L'incidence est calculée par la fomule : 
Nombre de positifs de la région en une semaine / Population de la région / 100 000 (habitants)

incidence pos reg s51

La Bourgogne-Franche-Comté reste la région la plus touchée en France cette semaine avec la plus forte incidence de positifs avec 249 positifs pour 100.000 habitants (5.846 cas) contre 210 la semaine précédente soit une hausse de +19% en une semaine. La deuxième région en incidence est Auverge-Rhône-Alpes avec 238 cas positifs pour 100.000 habitants (19.192 cas positifs) contre 167 la semaine précédente soit une hausse de +43%, pourcentage a relativiser en regard du dépistage de masse organisé (+190%). Le Grand-Est est la troisième région avec 232 positifs pour 100.000 habitants contre 185 la semaine précédente soit une hausse de +25%.

Les moins touchées en incidence cette semaine sont la Corse avec une incidence de 25 positifs pour 100.000 habitants contre 22 la semaine précédente (+14%, mais avec une campagne de dépistage massive +114% de PCR), la Bretagne avec une incidence de 51 positifs pour 100.000 habitants contre 45 la semaine précedente, repasse au dessus du seuil d'Alerte au niveau régional, la Nouvelle Aquitaine avec 86 positifs pour 100.000 habitants contre 85 la semaine précédente, très stable.

 

Carte du nombre de dépistages réalisés en une semaine

incidence test reg s50

En métropole, les trois régions qui réalisent le plus grand nombre de dépistages cette semaine en incidence sur la population sont Auvergne-Rhône-Alpes avec sa campagne de dépistage massive, 5.472 dépistages pour 100.000 habitants (439.558), soit plus de 5% de la population régionale dépistée, le PACA avec 4.165 dépistages pour 100.000 habitants (210.568 dépistages) , et la Corse avec 3.935 dépistages pour 100.000 habitants (13.565).

La Bretagne est la région qui dépiste le moins en incidence sur la population avec une incidence de 2.138 !

Suivent ensuite les Pays de la Loire (2.480 examens pour 100 000 habitants) et le Centre (2.607 dépistages pour 100.000 habitants).

 

Voir vidéo à jour sur l'évolution de la situation depuis le premier déconfinement. 

 

Historique des statistiques

Voir les statistiques de la semaine 50 (7 au 13 dec.)

 

Réalisation. Ces analyses de données et représentations sont réalisées pour le SDB par la société SIL-LAB Experts que vous pouvez contacter ici

135 Dernière modification le samedi, 26 décembre 2020